A partir de ahí, comenzó a avanzar en su desarrollo institucional, lo que le significó obtener en 2003 su autonomía por parte del Consejo Superior de Educación. Al año siguiente inicia su proceso de expansión, con la inauguración de diez sedes en regiones, e incorpora nuevas carreras a su oferta académica. En 2005, en tanto, obtiene su primera acreditación de parte de la Comisión Nacional de Acreditación de Pregrado, asegurando con ello la calidad de su proyecto educativo. En la actualidad, cuenta con 13 sedes desde Arica hasta Puerto Montt, más de 27 mil estudiantes y cerca de 45 mil egresados de sus ocho facultades.

Una de las características diferenciadoras de la Universidad es su potente vinculación internacional, especialmente con China. La UST es la primera institución de Latinoamérica en contar con un Instituto Confucio, inaugurado en 2007 en la sede de Viña del Mar y que está presente hoy en 19 ciudades del país. Asimismo, mantiene convenios de intercambio con más de 110 casas de estudio de 29 países y es una de las fundadoras del Consejo Internacional de Universidades en el Espíritu de Santo Tomás de Aquino, ICUSTA, creado en 1993.

Por otra parte, gracias a la creación de nueve centros de investigación aplicada e innovación, se ha posicionado como una de las universidades con proyección en investigación del país, siendo reconocida en el ranking Scimago 2019 en el puesto número 12 entre los planteles de educación superior chilenos.

A inicios de 2021, la UST se acredita en un nivel avanzado por 4 años ante la Comisión Nacional de Acreditación (CNA) en las áreas de Gestión Institucional y Docencia de Pregrado, y forma parte del nuevo Sistema de Acceso a la Educación Superior, el cual fue creado en el marco de la Ley de Educación Superior.

Luego de cumplir con todas las exigencias establecidas en la ley y de este exitoso proceso de acreditación, la UST ingresa a la gratuidad, la que se hará efectiva desde el año 2022 para sus actuales y futuros estudiantes, quienes deberán cumplir con los requisitos exigidos para obtenerla.

En tanto, el Doctorado en Conservación y Gestión de la Biodiversidad de la Facultad de Ciencias de la UST, es acreditado por un período de dos años –de un máximo de tres, por ser un programa sin graduados aún– por parte de la CNA.